Dewasa ini telah banyak ditemukan berbagai enzim dalam makhluk hidup. Kebanyakan enzim terdapat dalam protoplasma dan sedikit berada dalam dinding sel atau vakuola.
Pada tahun 1926, seorang ahli bernama Summer berhasil memisahkan suatu enzim dalam bentuk Kristal, yaitu enzim urease yang diperoleh dari biji polong-polongan Canavalia Ensiformis (suku Papilionaceae). Pada penyelidikan selanjutnya, berhasil dipisahkan pula Kristal enzim-enzim yaitu pepsin, tripsin, papain, katalase dan sebagainya.
Di dalam tubuh makhluk hidup, beberapa enzim dibentuk dalam keadaan tidak aktif dan diberi nama Zimogen. Untuk mengaktifkannya harus dibantu oleh suatu activator sehingga fungsional. Sebagai contoh, pada suatu sistem pencernaan, tripsinogen harus diaktifkan dulu oleh enterokinase (suatu activator yang dihasilkan oleh dinding usus halus) menjadi tripsin yang kemudian dapat melakukan pemecahan protein.